Có ba bộ chữ được sử dụng trong tiếng Nhật. Tuy tiếng Nhật khác hoàn toàn so với tiếng Trung Quốc. Nhưng chữ viết trong tiếng Nhật có nguồn gốc từ chữ Trung Quốc cổ – được coi là ra đời cách đây hàng ngàn năm. Những chữ này được gọi là chữ kanji và lúc đầu là những hình vẽ. Theo thời gian, những hình vẽ này cũng thay đổi, do vậy hầu hết chữ kanji đều không giữ những hình ảnh ban đầu. Kanji đại diện cho từ vựng hay một phần của từ vựng. Có khoảng 2000 chữ kanji thường dùng. Học sinh tiểu học khoảng 1006 chữ kanji và học sinh trung học cơ sở sẽ học 939 chữ còn lại.
Bên cạnh chữ kanji, Nhật Bản còn có hai bảng chữ cái ghi âm khác là hiragana và katakana, cả hai đều phát triển từ chữ kanji. Mỗi bảng có 46 chữ cái ký hiệu ngữ âm (thường bao gồm một phụ âm và một nguyên âm, như “ka”). Kết hợp với các dấu chấm để đánh dấu sự thay đổi âm nguyên gốc, những chữ cái này đủ khả năng thể hiện tất cả các âm của tiếng Nhật hiện đại. Hiragana được dùng chung với chữ kanji để viết những chữ tiếng Nhật bình thường. Katakana được dùng để phiên âm các từ ngoại lai, tên người nước ngoài và địa danh, âm thanh, hay tiếng kêu của động vật.
Tiếng Nhật có rất nhiều phương ngôn gọi là hogen. Những phương ngôn khác nhau có từ khác nhau diễn tả cùng một vật; và cũng có sự thay đổi ở trọng tâm và ngữ điệu cũng như phần đuôi của động từ hay tính từ. Tuy nhiên, người dân từ các vùng khác nhau có thể giao tiếp với nhau dễ dàng vì sử dụng loại tiếng Nhật chuẩn được thừa nhận rộng rãi.